Po zdobyciu Konstantynopola przez Wenecjan i Krzyżowców biorących udział w IV Krucjacie, Kretę przyznano jej dowódcy, Bonifacemu de Monferrat. Jednak z uwagi na to, że trudno by mu było panować i kontrolować wyspę, ponieważ wymagało to floty, odsprzedał ją w 1205 roku Wenecji. Wenecjanie mieli mu również płacić roczny trybut i pomóc w zajęciu Salonik. Jednak przejęcie wyspy nie było proste, ponieważ Genua, rywalizująca z Wenecją, miała ochotę ją zająć dla siebie. Gdy Wenecjanie wylądowali na Spinalondze, większa część wyspy była już zajęta przez rywali. Walki trwały 7 lat, do 1212 roku, kiedy zdobyto zamek Paleokastro koło Heraklionu. Jeszcze przez parę lat trwała genueńska partyzantka, aż w 1217 roku doszło do zawarcia pokoju. Tak powstała prowincja Kandii, zarządzana przez weneckich gubernatorów. W źródłach czasem spotykamy nazwę księstwo lub królestwo, acz wydaje się to nieuzasadnione, gdyż urzędnicy zarządzający Kretą z ramienia Wenecji takich tytułów nie posiadali. Wenecją rządził wybierany dożywotnio doża, którego tytuł pochodził od łacińskiego słowa dux, czyli wódz. Od dux pochodził też duke, angielski tytuł honorowy, tłumaczony na polski jako książę. Mimo potwierdzenia panowania weneckiego na wyspie traktatami, jej zachodnia część z obecną Chanią przez jeszcze 40 lat miała dużą niezależność, pozostając pod wpływami miejscowej bizantyjskiej (greckiej) arystokracji i Genueńczyków.
Pierwszym gubernatorem Krety został Jacopo Tiepolo, któremu powierzono zadanie stworzenia weneckiej administracji na wyspie. Jego pierwszymi posunięciami było wzniesienie potężnych fortyfikacji Heraklionu i ściągnięcie weneckich kolonistów na wyspę. W ciągu pierwszego wieku panowania przybyło ich około 10.000, czyli 1/6 obywateli republiki kupieckiej. Napływ nowej ludności spowodował rozbudowę Chanii. W starożytności miasto nazywało się Kydonia, w czasach emiratu Ketu al Chanim, a Wenecjanie nazywali ją la Canea. Miało to miejsce w 1252 roku, wkrótce po zajęciu zachodniej Krety przez Wenecjan.
Przybycie Wenecjan na Kretę od razu wywołało konflikt z miejscową ludnością i lokalnym kościołem. Ziemie, jakie były na Krecie, miały już swoich właścicieli. Przybyli Wenecjanie po prostu chcieli je odebrać, a Grecy nie mieli zamiaru ich oddawać. Kolejnym powodem była próba odsunięcia i zdegradowania greckiej arystokracji. Oczywiste jest, że doszło do powstań. Pierwsze wybuchło już w 1212 roku, kolejne w 1219, a następne w 1222 roku. W takich warunkach rządzenie wyspą było bardzo trudne. Dość szybko więc zrównano w prawach arystokrację grecką z wenecką, mocno ograniczono zabieranie ziemi jej prawowitym właścicielom, choć do końca XIII wieku utrzymano zakaz małżeństw mieszanych. Wenecja chciała Krety jako swojej prowincji, a nie niezależnego państwa. Kolejne powstanie w 1228 roku wyszło już poza Kretę. Grecy otrzymali pomoc Bizancjum, a Wenecjanie musieli prosić o pomoc garnizon stacjonujący na Rodos. Powstańcy przez 8 lat bronili się w zamku Mirabello. I znów republika kupiecka musiała ustąpić, nadając kolejne przywileje.
Jak widać, sytuacja przypominała przeciąganie liny. Najpierw Wenecjanie coś chcieli zabrać Kreteńczykom. Ci się buntowali, więc Wenecjanie musieli ustępować. Taka taktyka: trzy kroki do przodu, dwa do tyłu.
W 1261 roku Bizantyńczycy odbili z rąk krzyżowców Konstantynopol, co było ukoronowaniem ich rekonkwisty. Potomkowie krzyżowców utrzymywali się już tylko na Peloponezie, gdzie weszli w pewną symbiozę ze szlachtą bizantyjską. Czas wydawał się odpowiedni do próby odbicia Krety przez cesarstwo. Bizancjum pomogło zorganizować dwa bunty na wyspie, ale żadnej pomocy militarnej nie wysłało. Ostatecznie Konstantynopol pogodził się z utratą Krety, co potwierdzono stosownymi traktatami.
Znów w 1272 roku wybuchło kolejne powstanie, podobnie jak pierwsze, rozpoczęło się od płaskowyżu Lasithi. Tym razem było naprawdę ostro, bo w decydującej bitwie na równinie Mesara zginął zarówno gubernator Krety, jak i większość weneckiej arystokracji. Dopiero wysłanie wojsk z Wenecji pozwoliło pokonać powstańców po 6 latach. Tym razem zwycięzcy byli surowsi niż zazwyczaj i pokonanych zmuszono do opuszczenia wyspy. To jednak nie zraziło pozostałych i po 10 latach wybuchło kolejne powstanie, toczone już na warunkach wojny totalnej.
Bunt Kalergisa był największym powstaniem, jakie wybuchło od czasu zajęcia Krety przez Wenecjan. Wenecjanie zakazali wstępu na płaskowyż Lasithi, wysiedlali wsie i palili klasztory, które bywały schronieniem dla powstańców. Kreteńczycy, którzy otrzymywali pomoc od Bizancjum, nie mieli zamiaru kapitulować. Sytuacja była o tyle korzystna, że Wenecjanie byli uwikłani w konflikty na Bliskim Wschodzie z muzułmanami, w Konstantynopolu z Bizancjum i na Morzu Śródziemnym z Genuą, inną republiką kupiecką. W 1298 roku flota Wenecji została rozgromiona przez Genueńczyków w bitwie koło weneckiej wtedy, a obecnie chorwackiej, wyspy Korcula. W następnym roku zakończyło się powstanie na Krecie. Powstanie Kalergisa trwało 17 lat i nie zaowocowało powrotem wyspy do Bizancjum, ale uzyskano wiele, bardzo wiele.
Przywódców powstania objęto amnestią, zwrócono im przywileje i skonfiskowane dobra oraz zniesiono zakaz małżeństw między Kreteńczykami a Wenecjanami, co później odbiło się Wenecji czkawką. Przywódca powstania Kalergis stał się nieformalnym przywódcą ludności greckiej na Krecie. Wobec Wenecjan był lojalny i starał się nie dopuszczać do rozwoju kolejnych buntów, które wybuchały co kilka lat. Wenecja nagrodziła go, wpisując jego rodzinę do Złotej Księgi, czyli Libro d’Oro, oficjalnego spisu weneckiej szlachty. Jak się łatwo domyślić, Grecy odebrali to jako zdradę i kilkakrotnie zorganizowali na niego zamach, ostatecznie zginął jego syn.
Wenecki pałac Ca’ Vendramin Calergi był własnością rodziny Kalergi. Tam zmarł Wagner. A sam ród początkowo nazywał się Fokas i był gałęzią, z której wywodzili się generałowie i cesarze Bizancjum. Na przykład Teofano, żona cesarza Niemiec Ottona II, panującego w czasach, gdy Polska przyjęła chrzest.
Pokój ustanowiony przez Aleksego Kalergisa utrzymał się do 1333 roku, gdy doszło do kolejnego buntu pod przywództwem kolejnego Kalergisa. Powodem było podniesienie podatków. Bunt stłumiono już po roku, a powstańców stracono lub wygnano. Paru członków rodu Kalergisa skazano na dożywocie.
Trzydzieści lat minęło w miarę spokojnie, aż doszło do buntu tym razem pod przywództwem Wenecjan kreteńskich, czyli buntu Świętego Tytusa.
W 1336 roku Wenecja nałożyła na Kretę ekstra podatek przeznaczony na infrastrukturę portową, co miało przynieść korzyści kupcom z Wenecji, a nie Wenecjanom osiadłym na Krecie, którzy żyli głównie z rolnictwa i hodowli. Uznano to za rażącą niesprawiedliwość, popartą poczuciem pewnej gorszości Wenecjan z Krety wobec Wenecjan z metropolii. Po raz pierwszy zbuntowali się więc Wenecjanie, którzy szybko znaleźli sojuszników wśród Greków zamieszkujących wyspę. Rody weneckie, na skutek akulturacji, już bardziej utożsamiały się z Kretą niż z Wenecją. W końcu większość z nich urodziła się już na Krecie. Przedstawiciele rodów szlacheckich pochodzenia weneckiego aresztowali gubernatora wyspy, ogłosili powstanie niezależnego państwa i zaprosili do władzy rodziny greckie. Po prostu, po co nam Wenecja, rządźmy się sami, my miejscowi, Grecy i Wenecjanie kreteńscy razem. Od razu też ogłoszono równość prawosławia i katolicyzmu oraz równość wobec prawa Greków i miejscowych Wenecjan. Te akty spowodowały przyłączenie się Greków i już po tygodniu bunt ogarnął całą wyspę. Tak doszło do powstania Republiki Świętego Tytusa.
Wenecja nie mogła sobie pozwolić na utratę najważniejszej kolonii, więc przystąpiła do akcji dyplomatycznej i organizowania ekspedycji. Wenecja zapewniła sobie neutralność Genui i poparcie papieża. Po 9 miesiącach Wenecjanie wylądowali niedaleko Kandii, czyli obecnego Heraklionu, i zdobyli ją zaledwie po 3 dniach oblężenia. Kto z przywódców buntu został w mieście, niemal od razu został stracony. Bardziej zapobiegliwi schronili się w niedostępnych górach, by kontynuować powstanie. Wobec rodzin weneckich szczególnie aktywnych w buncie zastosowano odpowiedzialność zbiorową. Pozbawiono ich szlachectwa, skonfiskowano posiadłości i wygnano ich z Wenecji i jej kolonii.
Mimo zdobycia Kandii, powstanie nie upadło, lecz teraz dowodzili nim greccy feudałowie. Wkrótce cała zachodnia Kreta znalazła się w ich rękach. Na prośbę Wenecji papież uznał odbijanie Krety za krucjatę. Weneccy żołnierze i najemnicy, ruszający odbić zachód wyspy, byli traktowani jak uczestnicy wyprawy krzyżowej. Każdy, kto walczył, miał uzyskać odpuszczenie wszystkich grzechów. Walki trwały kilka lat. Ostatecznie, dzięki przekupstwu, intrygom, ale także klęsce głodu, jaka dotknęła Kretę, Wenecjanie pojmali przywódców zarówno pochodzenia weneckiego, jak i greckiego, i skazali ich na śmierć. Górzyste regiony wyspy, takie jak Lasithi czy Mylopotamos, zostały objęte zakazem nie tylko osiedlania się, ale nawet wstępu pod karą śmierci.
Na wyspie na 300 lat zapanował spokój. Już żadne większe powstanie nie zagroziło panowaniu weneckiemu. Nadszedł czas dobrobytu i prosperity, czas, który Wenecjanie wykorzystali na rozbudowę fortyfikacji i przygotowania do nieuchronnego starcia z Imperium Osmańskim.
Panowanie weneckie pozostawiło na Krecie wiele zabytków architektury, w tym przede wszystkim fortyfikacje, ale także kościoły, zabudowania portowe, fontanny i budynki publiczne. W porównaniu do Grecji kontynentalnej jest ich zdecydowanie więcej, dominując w krajobrazie wybrzeży oraz starówek miast.
